ПТНЛ была создана в мае 2002 года Организацией Объединённых Наций, до того, как новое государство получило независимость, с целью обеспечивать безопасность и поддерживать правопорядок на всей территории страны, а также обеспечить быстрое развитие надёжной, профессиональной и беспристрастной полиции. Набор персонала был проведён в начале 2000 года, основное обучение началось 27 марта 2000 года, под эгидой Временной администрации Организации Объединённых Наций в Восточном Тиморе (АООНВТ). 10 августа 2001 была официально создана полиция Восточного Тимора была создана официально. Позднее она стала называться полицией Тимора-Лесте, ещё через некоторое время она была вновь переименована в национальную полицию Тимора-Лесте.

20 мая 2002 года было подписано соглашение о передачи полномочий от гражданской полиции к ПТНЛ. 10 декабря 2003 года ПТНЛ окончательно получил контроль над всей страной.